Émergence de souches de tuberculose multirésistantes : un test ADN pour améliorer le diagnostic

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    Diagnostiquer les formes résistantes de la tuberculose, une des maladies infectieuses les plus répandues et les plus meurtrières du monde, est un enjeu essentiel pour le succès de la lutte contre cette maladie. Un nouveau test ADN ouvre des perspectives.

    En 2017, 10 millions de personnes ont été infectées par le bacille de Koch, dont 1 million d’enfants, et 1,6 million d’individus en sont morts. Dans le cadre de la lutte contre cette maladie, l’ONU a fait part de son intention de débloquer à hauteur de 13 milliards de dollars annuels pour tenter son éradication d’ici 2035. Mais la diffusion de souches résistantes de la bactérie aux antibiotiques les plus fréquemment utilisés dans le traitement de la maladie rendent le problème épineux.

    Les souches résistantes de M.tuberculosis, un vrai casse-tète

    La tuberculose multirésistante, comme l’explique l’Organisation mondiale de la santé (OMS), est une tuberculose contre laquelle l’isoniazide et la rifampicine, les deux antituberculeux les plus puissants prescrits en première instance dans le traitement de la maladie, ne sont pas efficaces. Mais certaines souches sont aussi résistantes à d’autres antibiotiques, comme l’éthambutol ou la pyrazinamide ; elles sont alors dites ultrarésistantes. Résultat : le traitement administré aux patients se révèle inefficace, la mortalité augmente, le phénomène de contagion s’accroît, et la résistance à divers antibiotiques se renforce. Ces souches résistantes sont à l’origine d’une véritable épidémie dans certains pays comme l’Afrique du Sud depuis cinq ans. On évalue aujourd’hui le nombre de patients atteints d’une version multirésistante et ultrarésistante de la bactérie à 600,000 en 2016, dont seulement 22% auraient été correctement diagnostiqués.

    Le traitement des formes résistantes implique l’utilisation d’antituberculeux spécifiques, comme la moxifloxacine, la bédaquiline, ou le delamanid. Les antibiotiques prescriptibles dans ces cas sont détaillés dans la stratégie DOTS de lutte contre la tuberculose publiée par l’OMS en 2006.

    Pour guérir leurs patients, les soignants sont donc confrontés à la nécessité de déterminer s’ils sont en présence d’une souche résistante ou non, avant de pouvoir décider quels antibiotiques utiliser. Pour cela, il leur faut recourir à un test génétique capable non seulement de mettre en évidence la présence de l’ADN du germe dans les échantillons, mais aussi de déceler les mutations du bacille. Or, le test d’amplification génique (TAG) standard recommandé jusqu’ici par l’OMS échouait à repérer ces mutations, ce qui a permis aux souches résistantes de la bactérie de passer largement inaperçues pendant des années…

    Un nouvel espoir en matière de diagnostic et de thérapie

    Plusieurs équipes de chercheurs ont planché sur ce phénomène pour alerter la communauté médicale et scientifique sur sa gravité. L’une d’entre elles, dirigée par Philip Supply, chercheur CNRS au Centre d’infection et d’immunité de Lille, a proposé un nouveau test capable d’identifier les formes résistantes de la bactérie.

     

    Ce test a été développé par Genoscreen, une entreprise spécialisée dans la génomique, en partenariat avec l’équipe de Supply. Il fonctionne via un algorithme mis au point grâce au séquençage de 10.000 exemplaires de la bactérie, provenant de 16 pays à travers six continents. Cela permet une analyse beaucoup plus fine de l’ADN de M. tuberculosis et le repérage des gènes associés à une multi-résistance aux antibiotiques (par exemple le gène rpoB, dont la mutation a pour résultat une résistance à la rifampicine). Ce test met en évidence la résistance du bacille à plus d’une dizaine d’antibiotiques différents, et présente de plus l’avantage de fournir des résultats rapidement.

    La constitution d’une riche base de données issue du séquençage complet de l’ADN M. tuberculosis a été essentielle dans sa mise au point et représente, selon les chercheurs, l’avenir en matière de diagnostic de la tuberculose mais aussi de thérapie. Elle permettra peut-être prochainement de déterminer non seulement les antibiotiques inefficaces mais aussi les médicaments adaptés. Seul bémol : ces nouvelles méthodes sont chères et requièrent, pour être mises en œuvre, un personnel nombreux et formé qui manque pour l’instant, surtout dans les pays où le besoin s’en fait le plus ressentir.

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